I. UNIVERSITAS CENDERAWASIH
1. Drs. Festus Simbiak, M.Pd. Pembantu Rektor I
2. Drs. Yohanis Rante, M.Si Pembantu Rektor II
3. Drs. Paulus Louis Homers, M.Si Pembantu Rektor III
4. Drs Naffi Sanggenafa, MA. Pembantu Rektor IV
II. FAKULTAS FKIP
1. Drs. Noco Jakarimilena, M.Sc. Pembantu Dekan I
2. Drs. Albert Lumbu, M.Si. Pembantu Dekan II
3. Drs. Yoce Nelson Pharu, M.Si Pembantu Dekan III
III. FAKULTAS HUKUM
1. Dr. Melkias Hetharia, SH, M.Hum. Pembantu Dekan I
2. Ispurwandoko Susilo, SH, M.Hum Pembantu Dekan II
3. Johan Rongalaha, SH, M.Hum Pembantu Dekan III
IV. FAKULTAS FISIP
1. Fredrik Sokoy, S.Sos. M.Sos. Pembantu Dekan I
2. Septinus Saa, S.Sos. M.Si. Pembantu Dekan II
3. Drs. Jan Piet Hein Morin, M.Si Pembantu Dekan III
V. FAKULTAS EKONOMI
1. Drs. Hanz Zeth Kaiway, SE. M.Sc. Pembantu Dekan I
2. Drs. Andarias Kuddy, M.Si. Pembantu Dekan II
3. Drs. Ruben Tuhumena, M.Si Pembantu Dekan III
VI. FAKULTAS MIPA
1. Dra. Rosye Hefmi Rechnelty Tandjung, M.Sc. Ph.D. Pembantu Dekan I
2. Dra. Alowisya Furwembun, M.Si. Pembantu Dekan II
3. Dra. Martina Bunga, M.Si Pembantu Dekan III
VII. FAKULTAS FKM
1. Kerry Yarangga, SKM. M.Kes. MPH. Pembantu Dekan I
2. Melkior Tappy, SKM. Pembantu Dekan II
3. Rosmin Tingginehe, S. Pt. M.Si Pembantu Dekan III
VIII. FAKULTAS KEDOKTERAN
1. Dr. Agnes Supraptiwi Rahayu, MKes. Pembantu Dekan I
2. Yosefina Marijke Watofa, S.Psi . M.Psi. Pembantu Dekan II
3. Dr Rica Jaqualina Kapisa Pembantu Dekan III
Berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Cenderawasih Nomor :
070/H20/KP/2009
071/H20/KP/2009
098/H20/KOP/2009
099/H20/KP/2009